Konfigurierung von Oligonukleotid-Bibliotheken für nukleinsäurebasierte Nachweisverfahren

Zur Verbesserung der Einsetzbarkeit und zur Vereinfachung der Interpretation der Messergebnisse werden im Umfeld der Biosensorik intelligente bioinformatische Systeme benötigt. Am Beispiel der Konfigurierung von Sensoren für die Nukleinsäureanalytik wird die Notwendigkeit und der Nutzen von Bioinformatiksystemen gezeigt. Es wird vorgestellt wie Entwicklungszeiten reduziert, die Qualität der Sensoren verbessert und die Erstellung von Varianten vereinfacht werden kann. Mit nukleinsäureanalytischen Verfahren wie der DNA-Mikroarray-Technologie oder Mikrobead-basierten Methoden können genetische Informationen hoch spezifisch nachgewiesen werden. Die nukleinsäure-analytischen Nachweisverfahren können für folgende Aufgabenstellungen eingesetzt werden: · Genotypisierung (Nachweis von Krankheitserregern in Körperflüssigkeiten und -geweben zur medizinischen Diagnostik und zur Qualitätssicherung bei Lebensmitteln, Nachweis gentechnisch veränderter Lebensmittel, Nachweis von Stoffen biologischen Ursprungs in Lebens-, Futter- und Genussmitteln, forensische Anwendungen) · Genexpressionsanalytik (Erkennung von Expressionsmustern beispielsweise in der Pharmakogenomik) Mit der Konfigurierungssoftware wurden bisher verschiedene Oligonukleotid-Bibliotheken unter anderem für den Nachweis von Hepatitis-C Viren und für den Nachweis von menschlichen Genen mit alternativen Spleiß-Varianten erstellt. Dabei konnte nachgewiesen werden, dass die automatischen Bibliotheken bessere Eigenschaften hinsichtlich der aufgrund von Datenbankabfragen bestimmten Spezifität und Sensitivität haben als die auf konventionellem Weg erstellten Bibliotheken [2,4]. Inzwischen wurde ein Internet-Interface entwickelt, über das die Konfigurierung von Bibliotheken als elektronische Dienstleistung angeboten wird. Die Qualität der automatisch erstellten Bibliotheken hinsichtlich der Hybridisierungssignale wird zur Zeit mit Partnern aus der Forschung und der Industrie evaluiert

Experimental Treatment of Ebola Virus Disease with TKM-130803: A Single-Arm Phase 2 Clinical Trial.

BACKGROUND: TKM-130803, a small interfering RNA lipid nanoparticle product, has been developed for the treatment of Ebola virus disease (EVD), but its efficacy and safety in humans has not been evaluated. METHODS AND FINDINGS: In this single-arm phase 2 trial, adults with laboratory-confirmed EVD received 0.3 mg/kg of TKM-130803 by intravenous infusion once daily for up to 7 d. On days when trial enrolment capacity was reached, patients were enrolled into a concurrent observational cohort. The primary outcome was survival to day 14 after admission, excluding patients who died within 48 h of admission. After 14 adults with EVD had received TKM-130803, the pre-specified futility boundary was reached, indicating a probability of survival to day 14 of ≤0.55, and enrolment was stopped. Pre-treatment geometric mean Ebola virus load in the 14 TKM-130803 recipients was 2.24 × 109 RNA copies/ml plasma (95% CI 7.52 × 108, 6.66 × 109). Two of the TKM-130803 recipients died within 48 h of admission and were therefore excluded from the primary outcome analysis. Of the remaining 12 TKM-130803 recipients, nine died and three survived. The probability that a TKM-130803 recipient who survived for 48 h will subsequently survive to day 14 was estimated to be 0.27 (95% CI 0.06, 0.58). TKM-130803 infusions were well tolerated, with 56 doses administered and only one possible infusion-related reaction observed. Three patients were enrolled in the observational cohort, of whom two died. CONCLUSIONS: Administration of TKM-130803 at a dose of 0.3 mg/kg/d by intravenous infusion to adult patients with severe EVD was not shown to improve survival when compared to historic controls. TRIAL REGISTRATION: Pan African Clinical Trials Registry PACTR201501000997429

Survival plot with futility boundary for TKM-130803 recipients.

<p>The red line denotes the futility boundary. The points and dashed line denote the number of survivors at day 14 plotted against the number of day 14 reports.</p

Patient screening and enrolment.

<p>*One patient did not give consent. One patient was not competent to give consent, and a suitable proxy to provide consent could not be identified within inclusion time limits. **Two patients who died within 48 h of admission were excluded from the primary outcome analysis, as specified in the protocol.</p

Box and whisker plot of vital signs in TKM-130803 recipients, before, during, and after TKM-130803 infusions.

<p>Heart rate, respiratory rate, mean arterial blood pressure, and tympanic temperature in patients administered TKM-130803 at the following time points: immediately prior to TKM-130803 infusion (PRE), during the infusion, immediately at the end of the infusion (END), and at 1, 2, 4, and 8 h after the end of the infusion. The middle line shows the median value, the box shows the interquartile range, and the whiskers spread from the lower to the upper adjacent values. Outside values, that is, observations that are larger/smaller than the upper/lower adjacent values, are shown as circles.</p

Baseline demographic and clinical characteristics of trial population.

<p>Baseline demographic and clinical characteristics of trial population.</p

Ebola virus RT-PCR cycle threshold values and RNA copies/ml over time.

<p>Top row: TKM-130803 recipients. Bottom row: Observational patients. RT-PCR Ct upper limit of quantitation (LOQ) = 40. RT-qPCR lower limit of quantitation = 1,000 genome copies. The Ebola virus RT-qPCR quantification is expressed as the number of genome copies/millilitre of plasma. Black diamonds denote results for survivors. Grey circles denote results for non-survivors.</p